脑干梗塞已经引起医疗工作者的广泛关注，对于这种疾病的检测也有多种方式。
首先，脑栓塞。起病急骤，数秒钟或数分钟内症状达到高峰，常有心脏病史，特别是心房纤颤、细菌性心内膜炎、心肌梗死或其他栓子来源时应考虑脑栓塞。
其次，脑出血。其发病更急，数分钟或数小时内出现神经系统局灶定位症状和体征，常有头痛、呕吐等颅内压增高症状，以及不同程度的意识障碍，血压增高明显。但大面积脑梗死和脑出血，以及轻型脑出血与一般脑血栓形成症状相似。可行头颅CT以鉴别。
最后，颅内占位。某些硬膜下血肿、颅内肿瘤、脑脓肿等发病也较快，出现偏瘫等症状及体征，需与本病鉴别。可行头颅CT或MRI鉴别。